Reconstrucción de la microbiodiversidad asociada a sedimentos contaminados por la actividad antropogénica en la cuenca del río Apatlaco

En este proyecto, utilizamos herramientas bioinformáticas para comparar dos metodologías de asignación taxonómica (ARNs ribosomales y marcadores de copia única) de una muestra sometida a selección nutricional proveniente de sedimentos del río Apatlaco. Ambas aproximaciones constituyen actualmente la principal dicotomía metodológica para reconstruir perfiles taxonómicos en metagenomas ambientales; con importantes consecuencias en la inferencia y descripción de la microbiodiversidad asociada a biomas naturales. Con la ayuda de dos populares herramientas (FOCUS y Kaiju) se pudo realizar la asignación taxonómica y con esta, una comparación para determinar que método replicaría mejor los patrones de abundancias relativas obtenidas desde un modelo nulo de asignación con base en lecturas crudas de secuenciación masiva.