Caracterización de las parejas microARN/blancos involfucradas en la simbiosis entre Arabidopsis thaliana y Piriformospora indica

La sobreproducción de alimentos de origen vegetal debido a la demanda creciente de la población ha ocasionado el uso continuo e inadecuado de fertilizantes de síntesis, los cuales causan efectos negativos sobre el ambiente (FAO, 2019; Mahanty et al., 2017). Una alternativa de la agricultura sustentable ante esta problemática es la aplicación de biofertilizantes hechos a base de microorganismos beneficiosos como bacterias y hongos (Tian et al., 2020). Estos microorganismos tienen la capacidad de colonizar las raíces de las plantas, estableciendo una simbiosis mutualista cuya interacción mejora el rendimiento de las plantas hospederas (Dimijian, 2000). Piriformospora indica es un hongo endófito que coloniza las raíces de las plantas para establecer una simbiosis mutualista. Este organismo se considera de gran interés debido a los múltiples beneficios que proporciona a sus plantas hospederas, como, la promoción del crecimiento, resistencia a patógenos y tolerancia al estrés abiótico (Varma et al., 2013). Los mecanismos moleculares en plantas involucrados durante la simbiosis con P. indica aún no están completamente claros, incluyendo la regulación mediada por pequeñas moléculas de ARN denominados microARN, los cuales cumplen importantes procesos biológicos en plantas. Solamente se han estudiado microARN en la interacción con P. indica en orquídeas, arroz o pasto (Kord et al., 2019; Šečić et al., 2021; W. Ye et al., 2014, 2019). Curiosamente, este hongo puede colonizar las raíces de la planta Arabidopsis thaliana, donde hasta el momento no se han descrito microARN en dicha interacción (Zuccaro et al., 2011). Esto nos proporcionó un buen modelo simbiótico, ya que A. thaliana es una herramienta principal para estudios genéticos y moleculares, tiene un genoma completamente secuenciado y su ciclo de vida es corto, además ambos organismos pueden cultivarse axénicamente (Initiative, 2000; Johnson et al., 2011; Woodward & Bartel, 2018). Por lo que, la preparación de las muestras in vitro nos permitió obtener tejido de raíz con y sin P. indica en los tiempos 3, 7 y 14 días post-co-cultivo para secuenciar el ARN total de las muestras, obtener datos de transcriptoma (RNAseq) microtranscriptoma (small-RNAseq) y Degradoma con el fin de caracterizar mediante herramientas bioinformáticas parejas candidatas de microARN/blancos potencialmente involucradas en la simbiosis y poder realizar análisis funcionales de posibles candidatos.